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El ácido clorhídrico "HCL" se produce en unas células especializadas del estómago, que son estimuladas por la hormona gastrina y la sustancia histamina. Cuando existe suficiente ácido, el estomago emite una señal y las células parietales  disminuyen la producción del ácido clorhídrico evitando un incremento a nivel gástrico y con ello posibles lesiones a nivel de la mucosa.

Sin embargo, existen situaciones que pueden alterar éste mecanismo y provocar una producción insuficiente de ácido clorhídrico, lo que se conoce como hipoclorhidria. Las causas de hipoclorhidria pueden ser diversas,  como diversos son los síntomas y complicaciones cuándo esta presente la hipoclorhidria.

• SINTOMAS y COMPLICACIONES DE HIPOCLORHIDRIA:
• distensión abdominal, nauseas, eructos, ardor y dolor estomacal y flatulencia inmediatamente después de las comidas.
• diarrea o estreñimiento. 
• mala digestión de proteínas y carbohidratos.
• uñas frágiles, quebradizas y descascaradas. 
• dilatación de vasos sanguíneos a nivel de mejillas y nariz (en personas no alcohólicas).
• alimentos mal digeridos en heces fecales. 
• intolerancias, sensibilidades y alergias alimentarias.
• deficiencias nutricionales, especialmente de hierro, calcio, vitamina B12 y ácido fólico. 
• desequilibrio de la flora bacteriana y con ello incremento del riesgo de disbiosis e infecciones gastrointestinales por bacterias, parásitos y hongos (candidiasis crónica).

En términos simples, el intestino permeable se define como el daño que se produce en el revestimiento intestinal, lo que permite que cosas malas como los virus, hongos, bacterias y toxinas entren al torrente sanguíneo y que por otro lado, evita que cosas buenas como los nutrientes se absorban.

El daño al revestimiento intestinal da como resultado la absorción de citoquinas proinflamatorias, es decir, sustancias inflamatorias que tienen la capacidad de interacturar con el cerebro y otros organos y sistemas causando todo tipo de problemas para el sistema inmunológico y la función tiroidea.

De tal manera que si actualamente sospechas o sabes que tienes problemas de tiroides, existe una gran posibilidad de que también tengas algún grado de daño intestinal.

El síndrome del intestino irritable "SII" se asocia con síntomas que tienen un profundo impacto negativo en las actividades diarias de los pacientes. Es una afección compleja que evidencia diferentes subtipos, por ejemplo, el SII con predominio de diarrea "SII - D", el SII con predominio de estreñimiento "SII - C" y finalmente el SII mixto "SII - M". 

La fisiopatología involucrada en el SII incluye:

• un microbioma (flora) intestinal alterado.
• un aumento de la inflamación celular crónica.
• la presencia de permeabilidad intestinal, y;
• la hiper reactividad del sistema inmunológico.

Una de las áreas más interesantes de la investigación nutricional reciente se centra en el intestino, más específicamente, los tipos de microorganismos que están presentes en el intestino. Estos pequeños organismos tienen un efecto importante en la salud en general y ya se han visto implicados en una variedad de afecciones, que incluyen desde trastornos gastrointestinales hasta enfermedades autoinmunes, cardiovasculares y otras.

El microbioma intestinal se refiere a los miles de millones de bacterias vivas que los humanos tienen en el intestino, pero también incluyen hongos y virus. Se estima que el intestino contiene aproximadamente 35,000 cepas diferentes de bacterias. La mayoría se encuentra en el intestino grueso, particularmente en el colon, pero las bacterias también se pueden encontrar en el esófago, el estómago y el intestino delgado.